Hazánk csatlakozásával az EU eddigi területén található 6 biogeográfiai régió kiegészül a pannon régióval, amely legnagyobb részt Magyarország területén található. A pannon biogeográfiai régióban számos olyan faj és élőhely típus található, amely a 15 tagú unió területén nem fordul elő. A csak hazánk területén előforduló élőhely típusok és fajok ún. „pannonikumok” esetében különösen nagy a felelősségünk abban, hogy a kijelölt területek megfelelő nagyságúak legyenek az adott élőhely típus illetve faj országos állományának vonatkozásában, hiszen fennmaradásuk az unión belül elsősorban hazánkon múlik. Ilyen a pannon régióra jellemző élőhelyek a pannon lejtősztyeppek és sziklafüves lejtők, a pannon löszgyepek és homoki gyepek, a fás élőhelyek közül a pannon gyertyános tölgyesek és pannon homoki borókás-nyárasok.
Az élővilágvédelmi irányelv mellékletén szereplő, kiemelt jelentőségű bennszülött fajaink például a magyar kökörcsin, a pilisi len, a magyarföldi husáng, a magyar vakcsiga és a rákosi vipera. A közösségi jelentőségű élőhely típusok közül 46, növényfajok közül 36, madarak közül 91, egyéb állatfajok közül 105 fordul elő Magyarországon számottevő állományban, melyek hazai állományai kapcsán területeket kellett kijelölnünk.
A területek kijelölése szempontjából figyelembe veendő fajok nagy részét a hazai természetvédelem már a korábbiakban is megkülönböztetetten kezelte, és a védett természeti területek kijelölésénél azok előfordulási helyei fontos szerepet játszottak (a Magyarország által javasolt fajok többsége ide tartozott). Ugyanakkor az irányelvek mellékletein szerepel jó néhány olyan faj is, melyek Nyugat-Európában megritkultak, de Magyarországon még erős állományuk létezik, és a korábbi védetté nyilvánítások során nem szolgáltak a kijelölés szempontjául (ilyen a szarvasbogár, a remetebogár, mocsári teknős, a tövisszúró gébics, az örvös légykapó, kisfészkű aszat, pannon gyertyános-tölgyes stb.). A fogyatkozó nyugat-európai állományok megerősítésében éppen a még nem veszélyeztetett kelet-európai törzsállományok még hatékonyabb védelmük révén kiemelt szerepet játszhatnak, így az Európai Unió általános természetvédelmi célkitűzéseinek akkor felelünk meg, ha e nálunk még nem veszélyeztetett fajok területi-élőhelyi védelmére is az eddigieknél jobban odafigyelünk.
A fotón a pilisi len látható (Fotó: Duna- Ipoly Nemzeti Park Igazgatóság)